To MySQL によるクエリの最適化を容易にするには、関連データをロードした後にテーブルに対して ANALYZE TABLEあるいはmyisamchk --analyzeを実行する。これはインデックスのために、同じ値があるレコードの平均値を更新する（ユニークインデックスの場合、これは常に 1 になる）。MySQL はこれを使用して、2 つのテーブルを '非定数式' で接続する際に選択するインデックスを判定する。 SHOW INDEX FROM tbl_nameを実行しCardinality値を調べるとmyisamchk --description --verboseはインデックスの分布情報を表示する。

インデックスに従ってインデックスとデータをソートするには myisamchk --sort-index --sort-records=1（インデックス 1 でソートする場合）を使用する。速度を上げるには、すべてのレコードの読み取りにユニークインデックスを使用し、そのインデックスに従った順序で読み取りを行うように推奨される。ただし、このソートでは書き込みの最適化はできず、テーブルが大きい場合は時間がかかる。