MySQL Instance Manager では、まずパスワード ファイルをセットアップを行い、それに続いて稼動、接続を行います。MySQL クライアント サーバ プロトコルで、Instance Manager と通信します。たとえば、標準の mysql クライアント プログラムを使用して接続します。

shell> mysql --port=2273 --host=im.example.org --user=mysql --password

Instance Manager での MySQL クライアント サーバ プロトコルは、MySQL 4.1 以降の配布したライブラリとクライアント ツールを使用します。そのため、MySQL C API を使用しているプログラムなどで接続できません。